Tiếp tục câu chuyện ba năm sau khi cái chết của Hyun Jun trong IRIS phần 1. Câu chuyện tiếp diễn xung quanh cái chết của Hyun Joon và Baek San, người đã bị bắt vì hoạt động trong các tổ chức bí mật Iris. Phim cũng sẽ phác thảo thêm câu chuyện về Mister Black, người kiểm soát tất cả hoạt động thông qua Baek San.
